Бодуэн не принимает "археологического" подхода к языку и призывает к изучению прежде всего живого языка во всех его непосредственных проявлениях, наречиях и говорах, с обращением к его прошлому лишь после основательного его исследования. Он признаёт научным не только историческое, но и описательное языкознание, различая состояние языка и его развитие. Ему свойственно диалектическое понимание языковой статики как момента в движении языка, в его динамике или кинематике. Он указывает на возможность видеть в состоянии языка и следы его прошлого, и зародыши его будущего. Он убеждён в нарастании черт системности в процессе развития языка, призывая искать эти черты в противопоставлениях и различиях, имеющих социально-коммуникативную функцию.

Бодуэн критически оценивает теорию "родословного древа" и механистические попытки реконструкции праязыка, призывая считаться также с географическими, этнографическими и прочими факторами и признавая смешанный характер каждого отдельно взятого языка. Бодуэн допускает сознательную языковую политику. Он принимает идею вспомогательного искусственного международного языка. На материале исследования флексий польского языка он устанавливает изменения по аналогии и вводит это понятие (ещё до младограмматиков) в широкий научный обиход. Ообоснование этих изменений, в отличие от младограмматиков, он ищет не в индивидуально-психологических, а социолого-психологических факторах. Вместе с тем он не принимает младограмматическое понимание звуковых законов, указывая на противоречивость и многочисленность одновременно действующих факторов звуковых изменений. Бодуэн тщательно описывает звуковую сторону диалектов ряда славянских языков и литовского языка. При этом он пользуется собственной фонетической транскрипцией с множеством дополнительных знаков.