Первое изложение новой исследовательской программы по общему и славянскому языкознанию было дано в "Тезисах Пражского лингвистического кружка" (1929), содержащих в достаточно чётком виде основные положения, которые разрабатывались в дальнейшей деятельности Пражской школы функциональной лингвистики. Были выдвинуты принципы структурного описания языка. В этих тезисах давалось определение языка как системы средств выражения, служащей какой-то определённой цели, как функциональной системы, обладающей целевой направленностью; указывалось на невозможность понять любое явление в языке без учёта системы, к которой оно принадлежит Синхронный анализ современных языков провозглашался лучшим способом для познания сущности и характера языка и распространения системного понимания на изучение прошлых языковых состояний. Подчёркивалась недопустимость проводимого в Женевской школе жёсткого разграничения между методом синхроническим и диахроническим; указывалось на невозможность исключить понятие эволюции из синхронического описания. Признавалась необходимость в сравнительном изучении родственных языков не ограничиваться только генетическими проблемами, но и использовать структуральное сравнение и типологический подход, чтобы системно осмыслить законы конвергенции и дивергенции языков. В тезисах провозгашался призыв к исследованию языковых контактов в рамках региональных объединений различного масштаба, высказывалось несогласие с утверждениями о произвольном и случайном характере возникновения языковых явлений.

В "Тезисах ПЛК" были заложены основы структурно-фонологического анализа. Исходя из целевой обусловленности фонологических явлений, приоритет отдавался не двигательному, а акустическому образау. Подчёркивалась важность инструментального исследования звуковой стороны языка. Было проведено различение трёх аспектов звуков — как объективного физического факта, как акустико-двигательного представления и как элемента функциональной системы. Подчёркивалась меньшая существенность материального содержания фонологических элементов по сравнению с их взаимосвязью внутри системы (в соответствии со структуральным принципом фонологической системы). К числу задач синхронической фонологии были отнесены: установление состава фонем и выявление связей между ними, определение фонологических корреляций как особого вида значимых различий, регистрация реальных и теоретически возможных в данном языке сочетаний фонем, изучение морфологического использования фонологических различий (морфонологии) и анализ морфонем типа к/ч в комплексе рук/ч: рука, ручной.