Первое знакомство японцев с европейской наукой состоялось в конце 16 — начале 17 вв. через португальских миссионеров. Миссионером Ж. Родригесом, опиравшимся на позиции европейского языкознания, была написана первая общая грамматика японского языка. Миссионерами же осуществляются первые опыты транскрипции японских текстов посредством латиницы.

В конце 17 в. японская наука о языке вступает в новый этап своего развития. Переход к этому этапу связан с деятельностью буддийского монаха Кэйтю (1640—1701). Он противопоставил себя как специалиста по истории японской национальной культуры по текстам на вабуне учёным, занимающимся изучением китайской культуры и памятников на камбуне. Ему принадлежит заслуга создания последовательной исторической системы орфографии. Кэйтю целенаправленно отбирает материал и чётко осознаёт методологические принципы. В основном он ориентируется на тексты 8 в. как образцы единообразных написаний. Им предпринимается исправление таблицы годзюона с учётом реконструкции законов организации древнеяпонского слога. Он устанавливает исторически верное написание для 1986 слов. Идеи Кэйтю позднее развивает и уточняет некоторые его результаты Катори Нахико (1765).

В конце 18 в. развёртывается новая дискуссия о взаимоотношении написания и произношения. В ней участвуют Уэда Акинари, не признававший изменений в произношении и подвергавший сомнению принципы Кэйтю, и выдающийся японский учёный Мотоори Норинага (1730—1801), который считал фонетические изменения закономерными, заложил основы исторической фонетики и завершил воссоздание первоначальной структуры годзюона, уточнил некоторые орфографические принципы Кэйтю, обратил внимание и на орфографию китайских заимствований. Дальнейшее развитие идеи Мотоори Норинага в области истории орфографии получили в трудах Мурата Харуми (1801), Тодзё Гимона (1827), Окумура Тэрудзанэ, Сираи Хирокагэ. Эти достижения исторической орфографии сохраняют свою значимость и в настоящее время. Надо отметить, что Кэйтю и Мотоори Норинага заложили основы современной японской фонологии.